怎样批量计算基因编码区长度

2024-04-27 11:55:01装修宝典08

怎样批量计算基因编码区长度,第1张

怎样批量计算基因编码区长度
导读：有些时候我们需要知道转录本长度，比如在使用RNA-seq计算FPKM的时候，为了准确地评估不同基因的表达量，一般是用覆盖该基因/转录本的总reads数除以基因/转录本的长度，有些时候我们需要知道基因编码区的长度，比如在使用VAAST评估致病

有些时候我们需要知道转录本长度，比如在使用RNA-seq计算FPKM的时候，为了准确地评估不同基因的表达量，一般是用覆盖该基因/转录本的总reads数除以基因/转录本的长度，有些时候我们需要知道基因编码区的长度，比如在使用VAAST评估致病候选基因的时候，有些基因因为编码区特别长（如TTN）总是排名靠前，如果考虑到它的编码区长度后，排序将会更加科学。那么怎样获得基因编码区长度呢？这个问题看起来比较简单，只要将每个外显子的长度加起来就可以了，对于单个转录本可以通过NCBI的CCDS数据库查询，但是基因有多个转录本，每个转录本的编码区有重合，所以基因编码区不是每个转录本编码区的简单相加，所以要想准确地获得每个基因的编码区长度并不容易，而且目前并没有现成的数据库，经过游侠在网上摸索后将相关 *** 整理如下，供大家参考。首先从sanger网站下载基因注释文件GTF，ftp://ftpsangeracuk/pub/gencode/Gencode_human/release_19/gencodev19annotationgtfgz。然后在R中使用GenomicFeatures工具包。library(GenomicFeatures)txdb <- makeTranscriptDbFromGFF("yourFilegtf",format="gtf")收集每个基因的编码区编号exonslistpergene <-cdsBy(txdb,by="gene")通过reduce函数避免重复计算重叠区exonicgenesizes <- lapply(exonslistpergene,function(x){sum(width(reduce(x)))})生成的gene ID为ensemble编号，可以通过https://biodbnet-abccncifcrfgov/db/db2dbResphp，转换为gene symbol。另外游侠已经处理好了人类所有基因的编码区长度，如果有需要的话，可以在微信号留言索取。

基因检测与解读(gh_561c4ccc5356)

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我要入驻公号大全

我们每个人升上都有得爱真的可能性，因为我们身上都会有癌症的诱变因素，只要他们受到了一些外界的 *** ，打成了致癌的条件，就会有可能换癌症，那么，都是哪些因素，怎样避免呢？更便宜的防癌处方推荐？哪些简单 *** 可以防癌？。

防癌的注意事项

少吃点糖

癌细胞最喜欢的“食物”就是糖。

日本《怎样防治癌症》一书中指出，当血液流过肿瘤时，其中约57%的血糖都会被癌细胞消耗掉，成为滋养它的营养成分。

《美国临床营养学杂志》指出，每天只要喝两杯甜饮料，患胰腺癌的风险就会比不喝的人高出90%。

天津医科大学附属肿瘤医院胰腺肿瘤科主任、美国癌症基金研究会会员郝继辉表示，更好少吃或不吃含糖食品。国际上一般认为，每人每天糖的摄入量应在50克内。

吃肉时喝杯红酒

用来酿造红酒的葡萄皮中，含有一种物质叫白藜芦醇，对消化道癌症有一定预防作用。

另外，美国癌症研究协会对猪肉、牛肉、羊肉等红肉的推荐食用量是每周500克左右，吃得过多，就会增加患结肠癌的风险。

不过，最近一项研究发现，如果吃肉的时候喝杯红酒，其中的多酚就可以防止肉在胃里分解为有害物质。

最少开窗半小时

很少有人知道，装修污染除了甲醛外，还有一种很强的致癌气体——氡及其子体。它一般藏在花岗岩、水泥、瓷砖里，沿着这些地方的裂隙扩散到室内，通过呼吸道进入人体，时间长了，就会诱发肺癌。

其实，只要每天开窗半个小时，氡的浓度就可以降低到与室外相同。另外，天然气燃烧后也会产生氡，所以厨房烧水时，更好打开窗户，关闭与居室连接的门。

用干毛巾擦背

日本曾掀起过一股用干毛巾擦背的热潮。东京大学副校长水野教授研究指出，这可以起到防癌作用，因为摩擦受热会激活背部皮下肌肉组织里一种细胞，能起到吞蚀并破坏癌细胞的作用。

对于中老年人来说，不管是搓、擦还是挠背部，都是一种很好的保健 *** 。或者用干毛巾两端，直式、横式反复摩擦整个背部10分钟左右，直到皮肤通红发热为止。

就着葱蒜来吃饭

在我国，胃癌发病率更低的省份，是葱蒜种植大省山东。长江以北胃癌死亡率更低的4个县中，之一位的是山东苍山县，那里人均每年要吃掉6公斤大蒜。

王兴国指出，这和大蒜素有抗氧化作用，可降低人体内致癌物亚硝酸盐的含量有关。

有研究表明，多吃大蒜的人得胃癌的风险会降低60%。大蒜只有被碾碎和氧气充分结合后才会产生蒜素，而且非常不稳定，一旦遇热很快会失去作用。因此更好将大蒜碾碎生吃，或剁成蒜泥放在凉拌菜中。

喝豆浆可防“女性癌”

美国癌症研究协会指出，常喝豆浆的女性患乳腺癌风险大大降低。据大连营养学会副秘书长、大连市中心医院营养科主任王兴国介绍，这是因为豆浆中有一种很像雌激素的物质，叫“大豆异黄酮”，能起到以假乱真的作用，和抗癌药物的机理非常相像。它对所有和雌激素有关的癌症都有预防作用，比如乳腺癌、子宫内膜癌、宫颈癌和前列腺癌。

不过，王兴国提醒，已经患有这些癌症的人，更好不要喝豆浆，以免对癌细胞形成 *** 。此外，患有消化性溃疡、胃炎、痛风的人也要少喝。

另外，豆浆更好喝自己磨的，街上卖的很多是用豆浆粉冲的，大豆异黄酮的含量很低。

每天走路1小时

美国《读者文摘》杂志曾告诉大家，每天饭后散步30分钟，或者每周散步四小时，能使患胰腺癌的风险减少一半。哈佛大学公共卫生学院针对7万人的长期研究也发现，每天只要走路一小时，就可以降低一半患大肠癌的几率。

全国政协委员、天津医科大学肿瘤研究所副所长孙保存解释，这是因为胰腺癌和身体热量过高有关，走路可以消耗热量，可直接预防胰腺癌。

此外，运动后出汗可使体内的铅、锶等致癌物质随汗水排出体外，从而起到防癌作用。

每天喝6杯水

世界上最权威的医学杂志之一《新英格兰医学杂志》研究表明，每天喝6杯水（每杯240克）的男性，患膀胱癌风险将减少一半，女性患结肠癌风险将降低45%。

北京肿瘤医院结直肠外科副主任医师彭亦凡说，这是因为喝水可以增加排尿、排便次数，把其中可能 *** 膀胱黏膜、结肠的有害物质，如尿素、尿酸等排出体外。

他还提醒，40岁以上的人更好每隔两三年查一下肠镜，如果有息肉，早点发现能减少其癌变几率。

晒15分钟太阳

在更便宜的防癌处方里，晒太阳算是做到了极致，不用任何花费，就能通过增加人体维生素D的含量起到防癌作用。

卫生部首席健康教育专家洪昭光教授告诉《生命时报》记者，维D不足会增加患乳腺癌、结肠癌、前列腺癌、卵巢癌及胃癌的风险。

为避免暴晒增加皮肤癌风险，每天只要晒15分钟太阳就足够了。

每天四杯绿茶

爱喝茶的日本人曾花费9年的时间做过一项调查，发现每天只要喝四五杯茶，就能将癌症风险降低40%。

中国疾病预防控制中心营养与食品安全所研究员韩驰教授对茶叶的防癌作用进行过17年研究，他发现乌龙茶、绿茶、红茶对口腔癌、肺癌、食道癌、肝癌等都有不错的预防作用。其中，包括龙井、碧螺春、毛峰在内的绿茶效果最显著，其防癌成分是其他茶叶的5倍。wwwff70com

不过，茶水更好不要喝太浓太烫的，否则会影响其防癌效果。更佳饮茶温度应该是60摄氏度左右，茶水浸泡5分钟后，其中有效成分才能溶在水里。

一口饭嚼30次

有调查证明，吃饭老是囫囵吞枣的人，患胃癌的几率比较高。而多咀嚼可以减少食物对消化道的负担，降低患胃肠道癌症风险。

此外，美国佐治亚大学实验发现，唾液有很强的“灭毒”作用，能让导致肝癌的罪魁祸首黄曲霉素的毒性，在30秒内几乎完全消失。

因此，按照一秒钟咀嚼一次来计算，一口饭更好嚼30次，才具有防癌作用。

睡够7小时

美国癌症研究会调查发现，每晚睡眠时间少于7小时的女性，患乳腺癌的几率高47%。这是因为睡眠中会产生一种褪黑激素，它能减缓女性体内雌激素的产生，从而起到抑制乳腺癌的目的。

上海市中医失眠症医疗协作中心副主任施明建议，更好晚上10点半前就开始洗漱，做好睡前准备工作，保证11点前入睡，早上6-7点起床。

此外，德国睡眠专家指出，中午1点是人在白天一个明显的睡眠高峰，这时打个小盹，也能增强体内免疫细胞的活跃性，起到一定的防癌作用。

1、癌症体检知多少

一、影像学检测：如胸片、胸透、PET-CT等

目前的研究显示，胸片不足以检测出直径很小的结节，而使用低剂量螺旋CT也只能检测大小在厘米级别的结节，但是这些结节大部分是良性的。目前的临床研究数据支持对于50岁以上，经常吸烟的肿瘤患者进行低剂量螺旋CT检测。而不推荐普通人检测，因为辐射的累积会引发患癌风险。

PET-CT是一个非常价格高的检测，从8000到一万不等，一般用来判断肿瘤是否出现转移，一些没有底线的检测结构把这个检测作为体检的一部分，需要知道这个体检的辐射性非常高，没有任何权威机构推荐使用PET-CT进行健康体检。而且即便是PET-CT也只能检测直径在1厘米大小的结节，PET-CT的阴性结果并不能完全排除一个人未患癌，这个罪造的不值，钱花的也实在冤枉。

二、血液肿瘤标志物

包含癌胚抗原（CEA）、甲胎蛋白（AFP）等等在内的肿瘤标志物检测，有的号称达到了十几项，但是这些肿瘤标志物的数值升高并不是一定患癌，只是说明健康出现了一定的问题，这些肿瘤标志物不仅存在于恶性肿瘤，也存在于良性肿瘤、胚胎组织甚至正常组织中。临床上，很多已经患癌的患者，血液的肿瘤标志物反而都在正常值，因此肿瘤标志物对于一个人是否患癌并不是灵敏度、特异性很高的指标。号称几滴血检测肿瘤标志物判断患癌风险，其实跟滥开药没有什么区别。

三、基因检测，一些事情您需知道

通过基因检测可以知道两个事情，一个是患癌的风险是否高，另一个是否已经患癌但是还没有症状，这样如果还没有转移切除不就治愈了吗，这是非常美好的设想。

通过基因检测判断患癌风险是遗传性肿瘤基因检测，是检测人正常细胞的基因，看一下是否有天生的肿瘤易感基因。这里也不是越多越好，比如肺癌根本就没有发现什么基因突变跟患癌风险有关，所以随便测几个点告诉一个人患肺癌的风险是很胡闹的。而且遗传性肿瘤基因检测必须检测全部基因的编码区，而不是走马观花地测几个热点，这样虽然几百块钱很便宜，但是对于受检者是不负责任的，不道德的。

另外一种情况，通过抽血检测血液里肿瘤细胞裂解释放的DNA片段（循环肿瘤DNA）或者完整的肿瘤细胞（循环肿瘤细胞CTC），目前都是科研阶段，没有可信服的数据证明这些是可以用于做肿瘤早期诊断的。未来也许可能，但是现在还不能在肿瘤很早的时候通过检查发现它，对于这个美好的未来可以展望，但是不能靠这个去卖钱。

那么问题来了，什么是靠谱的？

问题是现在的健康体检多数是走马观花，在体检结果上算是大打折扣了。有一些比较有科学依据的体检如下：

145岁以上的乙肝患者，应该定期做腹部B超检查。

2女性之一次性生活两年后，进行宫颈涂片细胞学检测，发现宫颈癌。

3年龄大于50岁，每天抽烟1包以上，连续抽20年以上的人，需要做低剂量螺旋CT。

4长期生活不规律，暴饮暴食，有不良饮食习惯的人进行胃镜检查。

5 *** 指检，普查直肠癌最简单的方式，长期便血或大便习惯异常者检查。

6B超，腹部B超可查出腹部各脏器状况，慢性肝炎和肝硬化患者应查。盆腔B超可了解卵巢、附件等情况。

7三大常规，特别是血常规出现异常，很可能是血液系统肿瘤的表现。

8肝肾功能，可查出肝肾的功能状况，慢性肝炎和肝硬化患者必查。

9肿瘤标志物，如CEA、AFP和CA125等，有间接提示作用，但是不具备特异性。

10胸片，非高危人群可查胸片排除一些风险。

11基因检测，也就是遗传性肿瘤基因检测，对于有家族史的患者可以去查，但是注重权威性。

总之，对于防癌体检需了解的是，任何体检都不是100%的灵敏和准确，只是一个间接的参考，更无须花费过多的费用遭受辐射，反而增加患癌风险。

想要知道甲醛是否超标，这个并不难，有甲醛检测仪，还有专业的测甲醛公司，都可以选择，一旦发现甲醛超标，就应该立刻做好除醛工作，下面为您推荐几种广受好评的除醛 *** ，你可以择优选择，希望给您带来帮助。

1、刚装修完的房子想要尽快的去除室内的甲醛以及异味，首先要做的就是开窗通风，在开窗的同时可将橱柜门及抽屉打开，通过空气对流的方式，将甲醛稀释并排放到室外去。这一步虽然简单，但是也要注意天气情况，以免大风大雨破换了新装修家居环境。

2、活性炭具有吸附甲醛等有害物质的功能，但是活性炭没有分解的功能，所以吸附量是有限的，容易饱和，需要经常性的更换，不然会变成一个新的污染源向外散发有害物质，造成室内的二次污染。

5、使用绿色植物净化甲醛，是曾经热传且很被看好的除醛方式，植物在光合作用时会吸附一部分甲醛，但吸收量是极其微小的，在除甲醛时推荐将其作为辅助 *** ▪

1 2011年以前，以图业为主

这一阶段阶段实体书店 业态单一 ，多数书店仅贩卖图书。随着租金、人力等成本的提升以及数字化阅读的发展，自2002年起，全国的实体书店行业陷入了长达十年的萧条期。根据2011年全国工商联书业商会发布的一份调查报告，2002至2011这十年期间，实体书店零售量连年下滑， 近五成实体书店倒闭。

2 2012~2017年，转型期

该阶段是实体书店转型期，摸索出“书店+”经营模式。

3 2018年至今，文化综合消费体

《2018-2019中国实体书店产业报告》显示，调查的62家书店中， 只有1家只卖图书 ，占比为161%。也就是说，绝大多数实体书店都先后引入了 “书店+” 的形式，在升级改造中上架的产品也不再仅限于图书，而是 走向包括咖啡、文创文具等更多元品类经营。

新型实体书店将不只是“图书销售”的场所，而是以“阅读”为主体，融合餐饮、文创、展览等多种业态的文化知识生活空间。

市场上常见的“书店+”模式有：

1 书店+咖啡

西西弗和言几又两大连锁书店，在店里喝咖啡，可以享受书店里的所有试阅书籍。

2 书店+文创

书店中的各业态营销统一整合策划，将多元化经营做得比较好的品牌甚至可以上升到书店的文化营销。例如西西弗书店，在门店卖文具的同时，还搭上了自家出的周边产品，将品牌文化变成了消费者们可以带走的马克杯、明信片、纸胶带等文创物品。

3 书店+活动

书店还有很大一部分是从举办活动和书友会上获利。部分言几又的门店，是可以被一些商家或个人租去做演讲活动的，而且，大部分的书店都支持作者举办签售会。大人气的作者能给书店带来不小的品牌曝光。

4 书店+N

含以上多种，如：诚品、西西弗、言几又等。

注：1开放式办公；2服装；3无人机、基因检测

跨界非图业态有效提升了书店的利润空间，“书店+”的复合经营模式是未来实体书店盈利增长的良性驱动。

一方面，实体书店非图业务的毛利远高于传统图书业务。咖啡、文创的毛利高达60%~65%，约是图书销售毛利的25倍。

另一方面，复合业态衍生出的“互动和参与感“延长了消费者在书店内的停留时间，增强了顾客粘性，有效促进了从流量到消费的转化。

西西弗根据所在地域读者的特点，每年开展千余场文化体验活动，涵盖畅销作家的大型签售会、文化名人的主题演讲会、书友读书会、亲子活动等，维持读者的新鲜感，吸引客群的周期性消费，提升客群的忠诚度，成为营收增长的重要因素。

现阶段民营书店扩张速度如此之快，除了经营模式的转变，还有以下几点原因。

1 热门选址

选在有一定人流量基础的商圈。西西弗、钟书阁及言几又都表示过倾向在热门商圈选址，每家门店至少 每天保持千人的流量 。

2 享有 *** 补贴

以深圳为例，《深圳市文化产业发展专项资金资助办法》中第二十五条，支持实体书店建设，对符合条件的大型书城、连锁书店、中小书店运营费用，根据书店实际经营面积等条件，每年 给予更高500万元的事后资助 。资助期限不超过3年。

3 商业中心让利

购物中心以租金减免、装修补贴的形式吸引优质书店入驻，甚至加盟书店亲自运营。2012-2018年，进驻购物中心的书店数量增长率约为8%，商业体中知名的书店品牌约有70个，其中1/3为2014-2017年间成立的新型书店品牌。实体书店将文化销售、服务与体验集聚的人气转化为消费力，形成与周边商业的良性互动。

西西弗文化传播有限公司董事长金伟竹曾多次公开表示，西西弗进入商业中心的 租金为普通店铺租金的10%甚至免租 。

人体一旦进入老年期，各项身体机能在下降，比较容易受到环境因素的影响而诱发各种疾病，所有甲醛超标会引起

1、 *** 老年人慢性疾病

老年人活动能力下降，多会在室内活动，室内空气质量的好坏对其影响更严重。甲醛浓度超标，会对人体产生 *** 性。比如说进入刚装修的新房后，感觉有 *** 性气味和不适感， *** 眼睛流泪，黏膜水肿。还会出现恶心、呕吐、胸闷、气喘、全身无力、心悸失眠等。再者老年人多会有一些长期病和慢性病综合症。

2、加重静脉血栓

空气污染加快静脉血栓形成：研究表明，每立方米微尘上升10毫克，当地居民在下一年里发生下肢静脉血栓的几率就上升70％。在空气污染严重的地方，居民发生腿部静脉血栓的现象比较严重，血栓形成的时间比较短。加上空气中含有的各种化学物质重金属微小粒子，这对人体，特别是肺和心血管系统的健康有非常大的危害。

3、致癌

甲醛是最小的含氧有机物，具有较高的反应活性，属原浆毒物，能与蛋白质结合，破坏人体酶系统，使细胞核内的基因突变，引发癌症。老年人身体机能退化，更容易遭受甲醛的危害。

在网上看了一些 ***

一、水果去除异味法可能大家会觉得奇怪，水果怎么能去除异味呢？其实像我们常见的水果，菠萝，柠檬，橘子都可以的，我们可以把上面说的几种水果，把它们的皮给剥下来，放在房间中内，过上一段时间，便有明显的效果。

二、米醋去除异味法对于米醋怎样去除异味，大家可能不知道 *** ，我们可以在新房间内，放上一个盆，把醋倒进去，再加入适量的水，放在炉子上，慢慢进行熏蒸。

三、绿色植物去除异味法我们都知道，绿色植物可以吸收二氧化碳，放出新鲜的空气，我们可以在房间内，放上一些芦荟，仙人掌等！来进行净化空气。